- Dit lied is geïnterpreteerd als zijnde over de problemen in Noord-Ierland, maar Dave Mustaine heeft aangegeven dat het lied over Israël gaat (Mustaines moeder is joods hoewel hij christen is). In een interview met Rock Detector zei Mustaine: ''Holy Wars' spreekt niet over een specifieke plaats in de tijd. Er wordt over geen enkel land gesproken. Er staat alleen: 'Kijk nu niet naar Israël, het kan JOUW thuisland zijn.'
Op Israel National Radio zei Mustaine: 'Ik heb Israël eerder in liedjes genoemd, in 'Holy Wars'. Heilige oorlogen hoeven niet per se in Israël te beginnen. Het kan overal zijn. Er vinden op dit moment toch zoveel heilige oorlogen plaats in de wereld. Mensen sterven voor een zaak. Het is zo ongelooflijk. - Mustaine heeft uitgelegd dat de tweede helft van het nummer is geïnspireerd op het stripboek De straffer , waar hij van houdt (het Megadeth-nummer ' Killing Is My Business ... and Business is Good ,' gaat over De straffer ). Wat het eerste deel betreft, legde hij uit toen het album voor het eerst werd uitgebracht dat het ging over een ervaring die in Ierland plaatsvond. Mustaine zei: 'Ik had ontdekt dat de IRA niet zo schijnbaar tegen de Engelsen was als mij werd verteld. Toch was de manier die mij werd beschreven erg afgezwakt. Dus ik schoot mijn mond eraf terwijl ik daar was en zei: 'Deze is voor de zaak! Anarchie in Ierland! Geef Ierland terug aan de Ieren!' Ik kreeg veel kritiek van de Engelse pers, en ik kreeg veel van de Ieren... en alsof ik een f-k geef voor de IRA!'
